复方中药圣愈汤治疗股骨头坏死机制的网络药理(3)

2.3 圣愈汤治疗股骨头坏死潜在作用靶点预测结果 在TCMSP 数据库得到的圣愈汤中活性成分靶点196 个；GEO 差异分析、GeneCards 和OMIM 数据库中获得股骨头坏死的相关靶点6 045 个，通过Venny 平台取交集后显示，圣愈汤与股骨头坏死药物-疾病交集靶基因共73 个，见图2。

2.4 构建“活性成分-靶点”和“疾病-药物-活性成分-靶点”网络 运用Cytoscape 软件构建“活性成分-靶点”网络，见图3，共包括100 个节点(27 个活性成分节点和73 个靶点节点)和182 条边。同时构建“疾病-药物-活性成分-靶点”，见图4。使用Network analyze 功能对网络进行拓扑属性分析，其中度值是衡量1 个节点在网络中关键性的重要参数。该网络中度值排名前5 位的化合物分别是山柰酚(kaempferol)、槲皮素(quercetin)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、豆 甾 醇(Stigmasterol)和异鼠李素(isorhamnetin)、分别能与65，45，43，14，10 个靶点连接，对治疗股骨头坏死具有重要的意义，其基本信息见表3。

2.5 PPI 网络及网络拓扑分析结果 通过STRING 数据库以最低要求互动得分(minimum required interaction score) 为0.7 为筛选参数分析共得到233 对蛋白互作关系，涉及73 个蛋白靶点。采用Cytoscape 软件构建蛋白互作网络，见图5。

文章通过Network Analyzer 工具分析网络中节点的度值，将度值≥8(均值)的靶点由高到低排序，见图6。度值排名前5 的蛋白基因是炎性细胞因子白细胞介素6(Interleukin-6，IL-6)、血管内皮生长因子A(Vascular endothelial growth factor A，VEGFA)、原癌基因蛋白(Proto-oncogene proteins，JUN)、 基 质金属肽酶9(Matrix metalloproteinase-9，MMP9)及炎性细胞因子白细胞介素1β(Interleukin-1 beta，IL-1β)。这些蛋白在整个网络中起着关键的作用，蛋白所对应的靶点在圣愈汤治疗治疗股骨头坏死中具有重要作用，认为是圣愈汤治疗股骨头坏死的关键靶点。

2.6 GO 富集分析结果 GO 富集分析得到GO 条目共804 个(P＜ 0.01)，其中生物过程(BP)、细胞组成(CC)和分子功能(MF)条目分别为732，23，49 个。

从生物过程的相关条目分析，圣愈汤治疗股骨头坏死的靶点主要参与对炎 症 反 应(Inflammatory reaction)、氧 化应激反应(response to oxidative stress)和血管生成调节(regulation of angiogenesis)等过程；从细胞组成的相关条目分析，治疗靶点主要包括转录因子复合体(transcription factor complex)、内质网腔(intrinsic component of postsynaptic) 及核染色质(RNA polymerase II transcription factor)等区域；从分子功能的相关条目分子，治疗靶点主要与丝氨酸水解酶活性(serine hydrolase activity)、调 节 核 受 体活性(nuclear receptor activity)和蛋白酶结合(protease binding)等方面相关。根据P值排序，每个模块前20 位的条目见图7。

2.7 KEGG 富集分析结果 KEGG 通路富集分析共得到120 条通路，根据P值排序，列出前20 位条目，见图8。主要涉及缺氧诱导因子1α 信号通路、白细胞介素17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、核因子B 信号通路和Toll 样受体(Toll-like receptor，TLR)信号通路等，这些通路与炎症反应、骨代谢、血管生成和免疫调节密切相关。

2.8 分子对接验证 将“2.4”项筛选出的关键化合物和“2.5”项的关键靶蛋白进行分子对接验证。分子对接结果显示圣愈汤关键活性化合物与靶蛋白的分子对接亲和力均远小于-5.0 kJ/mol，结果表明圣愈汤中关键化合物与关键靶蛋白有较好的结合活性，结果见表4。山奈酚为预测靶点最多的活性成分，白细胞介素6 为PPI 网络中degree 值最大的靶点，以山奈酚和白细胞介素6 蛋白结构对接模式为例，结果显示山柰酚能稳定地对接到白细胞介素6 蛋白结构的活性口袋中，见图9；山奈酚与白细胞介素6 蛋白结合关键疏水氨基酸残基是ASP-1042，ARG-01041，GLY-1097，GLN-1098，THR-1100，PHE-1046，MET-1085，VAL-1045 和HIS-1096。

表3 ｜关键化合物的基本信息Table 3 ｜The basic information on the key compoundsMOLID 化学成分 度值 来源 结构MOL000422 山柰酚(kaempferol) 65 白芍、黄芪、人参MOL000098 槲皮素(quercetin) 45 黄芪MOL000358 β-谷甾醇(beta-sitosterol) 43 白芍、当归MOL000449 豆甾醇(Stigmasterol) 14 当归、人参、熟地MOL000354 异鼠李素(isorhamnetin) 10 黄芪

表4 ｜关键化合物与核心靶点的结合能 (kJ/mol)Table 4 ｜The binding energy values of the core compounds异鼠李素(isorhamnetin)白细胞介素6 -30.124 8 -36.801 6 -24.255 6 -28.855 8 -37.219 8血管内皮生长因子A -28.019 4 -28.855 8 -27.601 2 -30.110 4 -27.183 JUN -39.729 -39.310 8 -35.965 2 -34.292 4 -38.474 4基质金属蛋白酶9 -23.419 2 -22.582 8 -13.800 6 -20.91 -21.328 2白细胞介素1β -30.526 8 -30.114 -29.274 1 -28.019 4 -30.110 4基因 山柰酚(kaempferol)槲皮素(quercetin)β-谷甾醇(beta-sitosterol)豆甾醇(Stigmasterol)

文章来源：《现代中医药》 网址: http://www.xdzyyzz.cn/qikandaodu/2021/0301/408.html